郭汝瑰到国防研究院研究军事学术的同时，有机会耐心地阅读孙中山的著作，尤其是孙中山晚年对三民主义的重新阐述，对照蒋介石从发动四一二政变，到执行片面抗战路线的历史，才清楚地认识到自称是孙中山最忠实信徒的蒋介石，从来也没有实行过孙中山的三民主义。特别是在此国难当头时期，前方的士兵浴血奋战，英勇牺牲;而身处大后方的达官显贵，却在勾心斗角，争权夺利，甚至不惜利用职权，大发国难财。后方的居民，缺衣少食，生活困顿，而一些军政要员和商界大亨，挥金如土，过着灯红酒绿、醉生梦死的生活。

郭汝瑰作为一位参加抗战的将官，因为坚持不贪污，所得的薪金还不能够维持家庭的最低生活，只能靠在银行工作、兼做一些转手买卖的三弟，补贴一些家用。如此世道，那有半点孙文主义的味道。对于蒋介石本人，郭汝瑰初进黄埔军校时，就听到蒋介石“率部东征，扫平南路”的传说，又亲眼见过北伐誓师的场面和北伐军长驱直入的情景，以为蒋介石确有军事才能。经过抗日战争的多次战役，特别是到国防研究院了解了战争的全局以后，才深感此人政治手腕厉害，军事上并不高明。

抗战以来，国民党军队很少打过主动进攻仗，这除了蒋介石心存妥协、延误战机之外，也与其落后的专守防御战略思想有关。以至于一点被突破，全线溃退。正面战场，败绩连连。在国防研究院和“中训团”，他听过蒋介石的多次讲话，翻来覆去都是“礼义廉耻”、“定静安虑”、“不成功、便成仁”之类的陈词滥调，说不出一点儿自己的军事学术见解，还闹了不少笑话。尤其令郭汝瑰不满的是，蒋介石在抗日战争中，一直没有放弃反共、剿共的念头，经常制造国共之间的摩擦。

等到1945年5月侵华日军还没有宣告投降时，蒋介石就急不可待地采取更加露骨的反共方针。这时，军令部每周举行的大战研究会，已不再研究尚在进行的第二次世界大战，而是着重研究战后如何反共防共。在一次有郭汝瑰参加的大战研究会上，就专门研究了一旦苏联军队进入中国东北地区以后，如何阻八路军、新四军出关的问题。原来国共合作的抗日战争还未结束，蒋介石就准备战后再打反共的内战了。

44年-45年在英国

郭汝瑰面对着国民党的腐败和种种倒行逆施，回想起年轻时所受的一些社会主义教育，以及耳闻共产党领导的敌后抗日根据地的进步景象，感到中国的希望还在共产党那边。他在寻找机会，与共产党恢复联系，但一时苦无门径。

1945年4月的一天，郭汝瑰在军务署瞥见一个身穿校官军服的来客，仔细端详，正是黄埔军校五期的同班同学，以后又一同到郭汝栋部工作的任逖猷。那时任逖猷已是共产党员，自己在1928年加入共产党后，也是彼此都了解的党内同志。三十年代初，任逖猷被刘湘抓进反省院时，郭汝瑰曾鼎力相救。任逖猷出狱还找到郭汝瑰家，但此后，便杳如黄鹤。郭汝瑰一见是老友任逖猷，忙将他拉上车开到一个冷僻之地，问他如今还有“关系”没有。任逖猷战战兢兢地回答：“哪还有什么关系，莫非你还嫌我‘鸡圈’(即监狱)还没坐够。”郭汝瑰以为他是怕暴露身份，一再说明绝不会加害于他，只是自己看透国民党了。